Przyroda w książce zatytułowanej „W pustyni i w puszczy” pełni rolę niezwykle ważną. Uprowadzone dzieci kontynuują wędrówkę przez zmienny krajobraz, który jest dla nich czymś zupełnie nowym. Przyroda przedstawiona w opowieści zdaje się mieć dwa oblicza. Może zarówno stanowić pomoc, jak i największą pułapkę dla człowieka.
Przyroda opisana jest przede wszystkim jako potęga, siła. Widocznym jest to chociażby poprzez opis burzy piaskowej. Widać, że ludzie wodzeni są przez nią za nos i całkowicie zależni od żywiołów. Podobnie przedstawiona jest dżungla. Człowiek jest także uzależniony od naturalnego rytmu przyrody. Dzieci odnajdują schronienie gdy przychodzi pora deszczowa. Aura uniemożliwia im kontynuowanie podróży.
Przyroda może jednak dawać schronienie, czego dowodem jest baobab. Podkreślona jest jego potęga, wyniosłość, piękno, ale i to, że jest on drzewem niezwykłym, które może stać się świetną kryjówką dla młodych wędrowców. Ważnym w opisie przyrody jest także pojawienie się zwierząt. Okazuje się, że mogą one być świetnymi przyjaciółmi – co widać w postawie psa Saby, ale i dzikiego Kinga, który daje się oswoić małej dziewczynce. Przyroda pełna jest jednak zagrożeń, a w dżungli czyhają dzikie zwierzęta. Lew czy inne drapieżniki mogą być niezwykle groźnymi. Jednak człowiek jest w stanie je oswoić i sobie podporządkować.
Opisy przyrody w książce pokazują jej potęgę, niezwykłość, ale i to, jak człowiek zdany jest na jej łaskę. Nawet pozornie niegroźne zwierzęta, takie jak muszki, mogą przyczynić się do śmierci innych zwierząt. Użądlenie przez owada może być śmiertelnym także dla człowieka. Jednocześnie stać się ona może kryjówką, pomocą dla ludzi.