Powieść „Tajemniczy Ogród” to nie tylko opowiadanie ukazujące dzieje zagubionych dzieci, które zaczyna łączyć przyjaźń oraz wspólny cel czy zaangażowanie. To także opowieść, która zawiera w sobie warstwę symboliczną.
Patrząc na przedstawione wydarzenia w sposób odpowiedni dla założeń realizmu dostrzec można, że przemiana bohaterów zachodzi w momencie, gdy zaczynają oni żyć zwykłym, prostym życiem, wypełnionym nie tylko przyjemnościami, ale i obowiązkami. Dostosowując się do ustalonego rytmu, korzystając z dobrodziejstw natury, a także opieki kolegi, dojrzewają i zdrowieją. Praca w ogrodzie ich hartuje i wzmaga apetyt, a codzienne ćwiczenia fizyczne pobudzają do życia. Ogród w tej perspektywie jest miejscem, które zostało zamknięte po tragicznym wydarzeniu. Zaniedbaną przestrzenią, która pod okiem młodych ogrodników zyskuje, rozkwita i wzrasta.
Ogród jednakże jest także miejscem, które dla każdego bohatera oznacza co innego. Dla służby to w większości miejsce tabu, zepchnięte na dalszy plan, budzące nieco lęku ze względu na panującą wokół niego tajemnicę. Jako tajemnicę postrzega go także Mary. Dla niej jednak jest to tajemnica ciekawa, która sprawia, że jej życie staje się pełniejsze. Ogród staje się także miejscem, którego los zależy od niej. Staje się najważniejszą dla niej sprawą, a zarazem motywacją i symbolem przemian, które zachodzą nie tylko w przestrzeni, ale i w samej dziewczynce.
Nie tylko na nią działa magia ogrodu, miejscem niezwykłe, miejscem cudów jest również dla Colina. To tam chłopiec czuje, że żyje i gotów jest na kolejne ćwiczenia i kolejne próby, które przybliżają go do upragnionego celu jakim jest odzyskanie zdrowia.
Ogród to także symbol minionych czasów. Tak potrzega go mąż zmarłej kobiety. Jednak w jego odczuciu ogród za murem jest przestrzenią, w której miesza się przeszłość bolesna z tą, o której warto pamiętać. Nie może on przezwyciężyć niechęci do miejsca, które tak uwielbiane przez jego żonę, doprowadziło do jej śmierci.
Stary, choć nadal piękny ogród, może być też postrzegany jako symbol osób, które w nim pracują. Losy ich oraz wzrastających tam roślin są połączone. Rozkwitają nie tylko posadzone tam rośliny, ale i Colin oraz Mary.
Opowieść o tajemniczym ogrodzie to przykład bogatej symboliki związanej z miejscem. Może on być postrzegany jako tabu, jako tajemnica przynależna tylko wybranym osobom, miejsce, które warte jest zainteresowania. Może być też symbolem wspomnień.