Sytuacja polityczna Rzeczpospolitej w drugiej połowie XVII stulecia nie była łatwa. Od wschodu kraj nękały oddziały rosyjskie, na południowym wschodzie niepokoje wywoływali Kozacy, na południu rósł w siłę książę Jerzy Rakoczy. Sąsiednie państwa czekały na każde potknięcie potężnego kraju. Kiedy jego granicę przekroczyli Szwedzi, mogło wydawać się, że ostateczna klęska jest blisko.
W „Potopie” Henryk Sienkiewicz z wielką precyzją ukazał społeczeństwo zamieszkujące Rzeczpospolitą. Najwięcej miejsca poświęcił, rzecz jasna, szlachcie - warstwie najbardziej wpływowej, kreującej rzeczywistość polityczną. To właśnie ona pierwsza stanęła oko w oko z nieprzyjacielem.
Autor wiele miejsca poświęca opisowi kapitulacji pod Ujściem (1655). Zebrane tam pospolite ruszenie nie było gotowe do walki, a nawet jeśliby do niej doszło, nie mogło równać się ze zdyscyplinowanym i doskonale wyszkolonym wojskiem wroga. Za sprawą Krzysztofa Opalińskiego (wojewody wielkopolskiego) i Hieronima Radziejowskiego (Polaka wspomagającego Szwedów) podpisano ugodę. Wielkopolska znalazła się pod rządami Karola Gustawa, a zebrana szlachta, ku swej radości, udała się z powrotem do majątków, by zająć się żniwami.
Skandynawska armia wlała się na polskie ziemie z wielkim impetem (stąd porównanie do potopu). Kolejne miasta padały niemalże bez walki, przez dłuższy czas opór stawiał Kraków, którego bronił Stefan Czarniecki. Wielkie rody magnackie i szlacheckie w większości popierały Karola Gustawa, odwracając się od Jana Kazimierza (Radziwiłłowie, niektóre skrzydła Sapiehów itp.). Naród nie wierzył w możliwość odparcia wroga, a ten swobodnie przemieszczał się po terenach Rzeczpospolitej.
Ogień patriotyzmu często gasnął wśród tych, którzy swą postawą mieli go rozpalać. Wielki hetman litewski Janusz Radziwiłł prędko przeszedł na stronę szwedzką. Część podległych mu oficerów wypowiedziała posłuszeństwo, lecz magnat nakazał ich uwięzić. Gdyby nie podstęp Zagłoby, patrioci zostaliby najprawdopodobniej rozstrzelani.
Opór jednak trwał. Stefan Czarniecki nękał wroga podjazdami, Paweł Sapieha gromadził wojsko, wyprzedając swój majątek. Także Lubomirski przygotowywał się do zajęcia miejsca u boku króla.
Patrioci, którzy nie opuścili Jana Kazimierza, a dobro ojczyzny widzieli w jej wolności i suwerenności, doczekali dwóch przełomowych momentów będących dla nich sygnałem o zmieniającej się sytuacji w obrębie kraju. Pierwszym była bohaterska obrona Jasnej Góry, drugim powrót króla do Rzeczpospolitej.
Kiedy armia szwedzka została zamknięta w widłach Wisły i Sanu, jasnym stało się, że nieprzyjaciel musi skapitulować. Wtedy Skandynawowie zmienili taktykę. Dotychczas nie krzywdzili oni ludzi postronnych, nie niszczyli polskich miast, w nowej sytuacji posuwali się natomiast do krwawych podbojów i grabieży. Wzmożona agresja ze strony Szwedów stała się przyczyną opuszczenia ich przez wielu polskich sojuszników. Wkrótce wojska Karola Gustawa, utraciwszy Warszawę, musiały wycofać się na teren Prus.
Przebieg opisanego w „Potopie” najazdu można podzielić więc na dwa etapy. Pierwszy to łatwe i konsekwentne zdobywanie kolejnych ziem, często przy współpracy z Polakami i Litwinami; drugi natomiast oznacza wycofywanie się z podbitego państwa oraz niszczenie jego terenów.
Autor ukazuje także dwie postawy Polaków. Część z nich, przynajmniej w pierwszej fazie, stanęła po stronie Szwedów. Niektórzy wierzyli w słowa Karola Gustawa wyjaśniającego, że nie chce zdobywać Rzeczpospolitej, ale tylko pomóc krewnemu w ustabilizowaniu swych rządów. Inni działali wyłącznie z troski o własne korzyści (Radziwiłłowie). Na ziemiach ówczesnej Polski nie zabrakło jednak gorących patriotów. Wielu przedstawicieli szlachty oraz prostych ludzi (chłopów) z odwagą stanęło przeciwko najeźdźcy, podkreślając, że największą wartością jest dobro wspólnego państwa.