„Nad Niemnem” to powieść, w której mamy do czynienia z wyraźną obecnością haseł pozytywistycznych. W postawach bohaterów, ich życiowych wyborach, działaniach, ale także wygłaszanych poglądach pobrzmiewają bowiem echa pracy u podstaw, pracy organicznej czy kobiecej emancypacji.
Naczelną wartością o pozytywistycznych konotacjach jest w „Nad Niemnem” praca. Pojawia się ona w różnorodnych odmianach i najczęściej przynosi dobre owoce. Jest to przede wszystkim praca u podstaw, a więc działanie bardziej uprzywilejowanej warstwy społeczeństwa (ziemiaństwa) na rzecz edukacji prostego ludu. W powieści hasło to realizuje Witold Korczyński, który systematycznie odwiedza Bohatyrowicze, by wspomóc ludność zaścianka. Młody dziedzic przedstawia ludowi nowoczesne rozwiązania w zakresie rolnictwa, przekazuje wiedzę i uczestniczy we wspólnych obrzędach oraz pracach polowych. Podobnie czyni również Justyna Orzelska.
Pozytywistyczne hasło pracy organicznej realizuje z kolei Benedykt Korczyński. Wedle tego postulatu, każde działanie mające na celu pomnożenie osobistego majątku, przyczynia się do powszechnego dobra całego organizmu społecznego. Hasło to oczywiście wiązało się z postulatem utrzymania kapitału i ziemi w polskich rękach, co miało ogromne znaczenie w warunkach politycznej niewoli. Orzeszkowa jest jednak nieco krytycznie nastawiona do owego pozytywistycznego postulatu i na przykładzie Benedykta pokazuje jego niebezpieczeństwa. Zbytnie skupienie na własnym majątku nieuchronnie prowadzi do egoizmu, a w konsekwencji do odcięcia się od reszty społeczeństwa. Tak dzieje się w wypadku Korczyńskiego, który popada w konflikt z Bohatyrowiczami o ziemię.
Interesująco przedstawia się w „Nad Niemnem” pozytywistyczna emancypacja kobiet. Powieściową emancypantką jest bowiem Justyna Orzelska, panna, która zdobywa się na odwagę, by samodzielnie myśleć i dokonywać odważnych życiowych wyborów. Sama podejmuje decyzję o małżeństwie z ubogim Janem Bohatyrowiczem, odrzucając jednocześnie oświadczyny świetnej partii – arystokraty Teofila Różyca. Co więcej, zamiast próżnego życia w luksusie wybiera ciężką pracę.
Orzeszkowa z sympatią odnosi się zatem do światopoglądowych założeń pozytywizmu. Powieść „Nad Niemnem” stanowi wyraz ideowej akceptacji owych haseł i pokazuje płynące z nich korzyści.